Awal mulanya, Badan Penghubung Daerah DIY bernama Kantor Penghubung Daerah DIY sejak tahun 1995. Saat itu Kantor Penghubung Daerah DIY beralamat di Jalan Pedati Raya No. 116, RT.13/RW.4, Kelurahan Cipinang Cempedak, Kecamatan Jatinegara, Jakarta Timur 13340 atau sekarang dikenal dengan Wisma Jogja Pedati.

Selain itu, pada era tahun 1980 hingga 1990-an pengelolaan Anjungan DIY TMII berbeda dengan pengelolaan Kantor Penghubung Daerah DIY. Sebelum tahun 1995, pengelolaan Anjungan DIY TMII berada dibawah Yayasan Guntur Madu yang dipimpin oleh Dra. Muriwati Darmokusumo. Pendirian Anjungan DIY TMII dibangun hanya dalam waktu 100 hari pada tahun 1974. Saat itu, ukiran yang ada di Anjungan DIY TMII masih mengacu pada gaya Jepara, namun pada tahun 2000 seluruh ukiran berubah menjadi gaya Yogyakarta.

Kegiatan kesenian dan kebudayaan sudah melekat secara tradisi di Anjungan DIY TMII dengan dilaksanakannya kegiatan seni dan budaya seperti pementasan ketoprak pada minggu ke-2, pergelaran wayang kulit pada minggu ke-3 dan aneka tari Nusantara pada minggu ke-4. Selain itu, ada juga kegiatan paket khusus, budaya ruwatan massal, lomba dalang dan festival dalang serta demo pembuatan keris. Demo pembuatan keris saat itu dilakukan oleh Empu Supiyanto keturunan dari Empu Supo salah satu abdi dalem Kraton Ngayogyakarta Hadiningrat. Karya beliau masih dipamerkan di Ndalem Ageng Anjungan DIY TMII hingga saat ini.

Setelah tahun 1995, Anjungan DIY TMII diambil alih oleh Pemerintah DIY dan dikelola oleh Kantor Penghubung Daerah DIY. Pada tahun 1995-2002, Kantor Penghubung Daerah DIY dipimpin oleh Dra. Asrini Merdekawati. Perubahan ukiran di Anjungan DIY TMII terjadi pada masa kepemimpinan Bu Asrini.

Pada tahun 2002-2007, Kantor Penghubung Daerah DIY dipimpin oleh Drs. Prijo Mustiko. Di era Pak Prijo pada tahun 2005, Kantor Penghubung Daerah DIY pindah lokasi kantor di Jalan Pangeran Diponegoro No. 52, RT.1/RW.7, Kelurahan Menteng, Kecamatan Menteng, Jakarta Pusat 10310 hingga saat ini. Kantor lama yang berada di Jalan Pedati, berubah menjadi Wisma Jogja Pedati yang diperuntukkan untuk penginapan tamu pejabat Pemerintah DIY maupun umum.

Pada tahun 2007-2009, pimpinan diganti oleh Ibu Erna sebagai Penanggungjawab Sementara (Pjs) Kantor Penghubung Daerah DIY. Kemudian pada tahun 2009-2014 dipimpin oleh Endi Harsono, SH.  Pembentukan Kantor Penghubung Daerah DIY merupakan implementasi dari Undang-Undang Nomor 23 Tahun 2014 tentang Pemerintahan Daerah.

Pada tahun 2014-2016 di era kepemimpinan Drs. Djoko Aryanto, MM tepatnya pada tahun 2015, Kantor Penghubung Daerah DIY mengalami perubahan nama menjadi Kantor Perwakilan Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta yang disingkat dengan Kaperda DIY berdasarkan Peraturan Gubernur DIY Nomor 82 Tahun 2015 tentang Rincian Tugas dan Fungsi Kantor Perwakilan Daerah. Kaperda DIY bisa juga disebut sebagai ‘kedutaan besar daerah/propinsi’ karena kedudukannya sebagai wakil Pemerintah Daerah/Propinsi yang keberadaannya di ibukota negara.

Tugas dari Kaperda DIY saat itu melaksanakan kegiatan hubungan antar lembaga, promosi dan informasi dan pengelolaan anjungan daerah serta keprotokoleran di Jakarta. Dalam menjalankan roda pemerintahan, susunan organisasi Kaperda DIY terdiri dari Kepala Kantor, Subbagian Tata Usaha, Seksi Anjungan, Seksi Promosi dan Informasi, Seksi Hubungan Antar Lembaga dan Kelompok Jabatan Fungsional.

Pada tahun 2016-hingga sekarang, Kaperda DIY dipimpin oleh Nugrohoningsih, SIP. Seiring dengan dinamika perkembangan dan adanya penataan kelembagaan baru Pemerintah Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta, Kaperda DIY berubah nama menjadi Badan Penghubung Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta berdasarkan Peraturan Gubernur DIY Nomor 104 Tahun 2022 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, dan Tata Kerja Badan Penghubung Daerah. Ketugasan dan struktur organisasi Badan Penghubung Daerah DIY juga mengalami penyesuaian.

Saat ini, tugas dari Badan Penghubung Daerah DIY melaksanakan fungsi penunjang koordinasi pelaksanaan urusan pemerintahan dan pembangunan dengan pemerintah pusat. Struktur organisasinya berubah menjadi Kepala Badan, Subbagian Tata Usaha, Subbidang Anjungan, Subbidang Promosi, Subbidang Hubungan Lembaga dan Pelayanan dan Kelompok Jabatan Fungsional.

Badan Penghubung Daerah DIY memiliki tujuan terwujudnya reformasi tata kelola pemerintah yang baik (good government), dengan sasaran “Meningkatnya Kapasitas Tata Kelola Pemerintahan”, sesuai dengan tujuan dan sasaran Pemerintah Daerah DIY yang termaktub dalam Peraturan Gubernur DIY Nomor 7 Tahun 2022 Tentang Rencana Pembangunan Daerah DIY Tahun 2023-2026. Berdasarkan hal tersebut Badan Penghubung Daerah DIY menetapkan tujuan pada 2023-2028 adalah meningkatnya kinerja Badan Penghubung Daerah dalam menunjang koordinasi Pemerintah Daerah dengan Pemerintah Pusat dan stake holder lain di DKI Jakarta dan sekitarnya. Sebagai sasaran Banhubda pada media yang sama adalah meningkatnya kualitas layanan penghubung.

Badan Penghubung Daerah DIY merupakan satu-satunya OPD milik Pemerintah Daerah DIY yang terletak di DKI Jakarta. Letak strategis di Ibu Kota negara menjadikan Badan Penghubung Daerah DIY sebagai penghubung antara Pemerintah Daerah DIY dengan Pemerintahan Pusat, dapat menjadi fasilitas promosi seni budaya dan potensi DIY ke masyarakat yang lebih luas bahkan ke ekspatriat yang ada di Yogyakarta yang ada di Jakarta. Keberadaan Badan Penghubung Daerah DIY juga memiliki peran penting dalam memelihara dan mengembangkan seni budaya khas Yogyakarta dengan memanfaatkan Anjungan DIY TMII dan melibatkan masyarakat untuk mempelajari seni budaya khas Yogyakarta.

Kini Banhubda DIY memiliki 3 (tiga) lokasi kantor yang berbeda, yaitu:

1. Kantor Badan Penghubung Daerah DIY/Griya Jogja Menteng di Jalan Pangeran
Diponegoro No. 52, RT. 1/RW. 7, Kelurahan Menteng, Kecamatan Menteng, Jakarta
Pusat 10310

2. Wisma Jogja Pedati di Jalan Pedati Raya No. 116, RT.13/RW.4, Kelurahan Cipinang
Cempedak, Kecamatan Jatinegara, Jakarta Timur 13340

3. Anjungan DIY TMII di Jalan Raya Taman Mini, Kelurahan Ceger, Kecamatan Cipayung, Jakarta Timur 13560