Visi dan misi pemda diikuti dengan tujuan dan sasaran pemda. Pada Pergub DIY Nomor 7 Tahun 2022 Tentang Rencana Pembangunan Daerah DIY Tahun 2023-2026, tujuan dan sasaran pemda yang selaras dengan tujuan Badan Penghubung Daerah DIY yaitu terwujudnya reformasi tata kelola pemerintah yang baik (good government), dengan sasaran “Meningkatnya Kapasitas Tata Kelola Pemerintahan”.
Berdasarkan hal tersebut Badan Penghubung Daerah DIY menetapkan tujuan pada 2023-2028 adalah meningkatnya kinerja Badan Penghubung Daerah dalam menunjang koordinasi Pemerintah Daerah dengan Pemerintah Pusat dan stake holder lain di DKI Jakarta dan sekitarnya. Sebagai sasaran Banhubda pada media yang sama adalah meningkatnya kualitas layanan penghubung.